La compañía tiene un sistema de tratamiento de sus aguas residuales que trata en promedio 25 m3/diarios proveniente de los servicios sanitarios, de alimentación y de uso en los procesos productivos. Hace ocho años esta cantidad de agua residual tratada se vertía directamente a un cuerpo de agua (canal de riego San José) que lindera con la planta. Los controles ejercidos por las autoridades exigen que el proceso de tratamiento sea avanzado, lo que permite que el agua residual, ya tratada, tenga características de calidad que la acercan a estándares de agua potable y, por ende, permite que, con algunos acondicionamientos adicionales, pueda ser nuevamente reutilizada